Naruto Shippuuden (Naruto Phần 2)

Từ tập 1-->32: Chính truyện giải cứu Gaara
Từ tập 33-->56: Chính truyện Sai xuất hiện, team 7 mới thành lập, nhiệm vụ thâm nhập hang ổ Orochimaru truy tìm Sasuke, Naruto bắt đầu luyện Rasenshuriken
Từ tập 57-->71: Ngoại truyện Thập Nhị Ninja Hộ Vệ
Từ tập 72-->88: Chính truyện Hidan, Kakuzu bắt Nhị vĩ, cái chết của Asuma, Naruto luyện thành công Futon: Rasenshuriken, cái chết của Kakuzu và Hidan bị chôn sống
Từ tập 89--->112: Ngoại truyện Tam vĩ và Ninja sử dụng thạch độn Guren, có ba cảnh trong chính truyện của tác giả ở phút 13:18 đến phút 14:12 tập 92 và phút 15:45 đến phút 17:15 tập 112 và cuối cùng từ phút 17:48 đến phút 18:45, đó cũng là cảnh Tobi, Deidara bắt Tam vĩ
Từ tập 113-->143: Chính truyện Sasuke tiêu diệt Orochimaru thành lập nhóm Hebi với mục tiêu giết Itachi, Sasuke đấu với Deidara, Jiraiya đấu với Pain, Sasuke biết sự thật về Itachi sau đó thành lập team Taka với mục tiêu diệt Konoha và cuối cùng là đánh với Bee để bắt Bát vĩ. Đặc biệt tập 119, 120 là Chính truyện kể về nhóm Minato và nguyên nhân Kakashi có Sharingan
Từ tập 144-->151: Ngoại truyện về Jinchuriki lục vĩ Utakata
Từ tập 152-->175: Chính truyện Naruto luyện tiên thuật và đấu với Pain từ tập 152-->169 và từ 172-->175, các tập 170,171 là ngoại truyện
Từ tập 176-->196: Ngoại truyện
Từ tập 197-->221: Chính truyện chuẩn bị cho đại chiến nhẫn giả lần thứ 4, Sasuke giết Danzo và tập 220, Kabuto sử dụng Edo Tensei ép Tobi liên thủ với mình. Tập 219 có cuộc chạy đua giữa Kakashi và Gai không có trong manga của tác giả nên cũng bị coi là ngoại truyện, chỉ có cảnh cuối cùng trong tập đó là chính truyện
Từ tập 222-->242: Ngoại truyện
Từ tập 243-->256: Chính truyện Naruto gặp Killer Bee và đấu với Kurama, gặp Kushina và quá khứ về ngày sinh của Naruto bao gồm đại chiến giữa Minato và Tobi. Tobi giết Konan lấy lại Rinnegan. Tập 256 là tập đại chiến nhẫn giả chính thức bắt đầu
Từ tập 257-->260: câu chuyện tình bạn giữa đôi bạn trẻ Naruto và Sasuke
Từ tập 261-->275: Chính truyện, liên minh đối đầu Haku, Zabuza, Kinkaku, Ginkaku, Naruto thẳng tiến ra chiến trường
Từ tập 276-->278: Chính truyện quỷ tượng tấn công liên minh, khả năng biến thành người khác của Zetsu và cuộc trò chuyện giữa Naruto và Cửu vĩ
Từ tập 279-->281: Ngoại truyện
Từ tập 282-->283: Chính truyện Raikage bị Naruto thông não và cho phép nó ra chiến trường
Từ tập 284-->295: Ngoại truyện
Từ tập 296-->302: Chính truyện Naruto đại chiến Nagato, Itachi, Gaara đại chiến Mizukage
Từ tập 303-->320: Ngoại truyện
Từ tập 321--> giữa tập 347: Chính truyện Madara hồi sinh đại chiến ngũ đại Kage, Naruto, Bee đại chiến với Tobi và các Jinchuriki. Itachi, Sasuke đại chiến Kabuto, tạp giới chuyển sinh bị giải trừ. Tobi lộ chân tướng và quá khứ về ngày Obito bị đá đè
Từ tập 349-->361: Ngoại truyện về Kakashi
Từ tập 362-->372: Cái chết của Neji, cha Shikamaru và cha Ino, sự hồi sinh của 4 Hokage và quá khứ của Madara và Hashirama. *Tứ đại Hokage và nhóm Sasuke thẳng tiến tới chiến trường
Từ tập 373-->375: Tân Sannin ra đời cuộc chiến giữa Obito và Kakashi
Từ tập 376-->377: Ngoại truyện
Từ tập 378-->387: Chính truyện đối đầu với Obito lục đạo và Naruto sử dụng Ngu độn: thông não chi thuật đánh bại Obito
Từ tập 388-->390: Ngoại truyện
Từ tập 391-->393: Sự hồi sinh thật sự của Uchiha Madara, Naruto và Sasuke bị cụ đập đến hấp hối
Từ tập 394-->413: Ngoại truyện kì thi Chuunin lần 2
Từ tập 414-->417: Obito quay về chính đạo và cứu Naruto, tập 416 và 1 phần 417 là ngoại truyện
Từ 418-->421: Gai đại chiến Madara, sự xuất hiện của Lục đạo
Tập 422-->423: Ngoại truyện
Tập 424-->426: Madara thi triển ảo thuật vĩnh cửuTập 427-->450: Ngoại truyện về ảo mộng của các nhân vật
Tập 451--> đến phút 10:30 tập 458: Ngoại truyện về Itachi
Từ phút 10:31 tập 458-->459: Madara sang thái phẫu thuật chuyển giới và đổi tên thành Otsutsuki Kaguya
Từ tập 460--> đến phút 15:39 tập 462: Ngoại truyện về lục đạo tiên nhân và em trai
Từ phút 15:40 tập 462-->463: Chính truyện Naruto ép Kaguya xem phim đồi trụy
Từ 464-->469: Ngoại truyện về Ashura và Indara và gương mặt thật của Kakashi
Từ tập 470-->479: Kaguya bị phong ấn, Naruto đại chiến Sasuke và chính thức khép lại Chính truyện của tác giả Kishi. Trong đó từ phút 7:20 đến 16:40 tập 479 là ngoại truyện do nhà sản xuất tự chế ra không hề có trong chính truyện của tác giả Kishi
*Từ tập 480--> 500:*Shikamaru Hiden, Konoha Hiden và hôn lễ của Naruto Hinata